Populacje pozaafrykańskie mniej więcej 2 do 4 procent swojego pochodzenia wywodzą od Neandertalczyków. Niektórzy naukowcy szacują, że na przestrzeni tysięcy lat naszej koegzystencji w Eurazji doszło do co najmniej ok. 300 pojedynczych przypadków stosunków płciowych ludzko-neandertalskich zakończonych narodzinami płodnego potomstwa, które przekazało geny dalej (w ogóle odbytych stosunków było na pewno wielokrotnie więcej, a niepłodnego bądź takiego, którego linie później wymarły potomstwa zrodziło się z nich pewnie dużo).
Poszczególne osoby mogły odziedziczyć różne geny, które pochodziły od różnych Neandertalczyków. Żeby zebrać wszystkie jakie mamy, potrzebna by była próba co najmniej 1000 osób, bo każdy odziedziczył nieco inny pakiet genów neandertalskich. Jednak nawet gdyby zebrać neandertalskie DNA od wszystkich ludzi na Ziemi, nadal nie udałoby się zrekonstruować stuprocentowego Neandertalczyka - bo tylko 20 do 40% genomu neandertalskiego nadal krąży w naszym DNA, reszta zanikła (m.in. wskutek negatywnej selekcji niektórych genów).
Od Neandertalczyków Nie-Afrykanie odziedziczyli, między innymi:
- obniżenie poziomu dostosowania (darwinowskie: "fitness") o około 0.5% w porównaniu do Afrykanów
- cukrzyca typu 2 (niezależna od insuliny)
- zwiększone (w porównaniu do Afrykanów) ryzyko bezpłodności męskiej
- choroba Leśniowskiego-Crohna
- toczeń rumieniowaty
- reumatoidalne zapalenie stawów (allel Rs12639456)
- skłonność do uzależnienia od palenia (allel Rs901033)
- nadmierna krzepliwość krwi (allel Rs3917862)
- niektóre inne schorzenia autoimmunologiczne
- żółciowa marskość wątroby
- niektóre wady wymowy i zaburzenia mowy
- być może dysleksja
- skłonność do długoterminowej depresji klinicznej
- zaburzenie afektywne dwubiegunowe (nagłe zmiany nastroju)
- zwiększone (w porównaniu do Afrykanów) ryzyko zawału mięśnia sercowego
- modzele, odciski, rogowatość naskórka, stwardnienia skóry
- rogowacenie słoneczne
- brodawki łojotokowe
- zwiększone ryzyko miażdżycy tętnic wieńcowych
- problemy z kontrolowaniem czynności fizjologicznych
- bóle pęcherza moczowego
- zaburzenia dróg moczowych
Ale domieszka neandertalska spowodowała również:
- zwiększoną odporność na miejscowe patogeny
- prawdopodobnie autyzm
- pewne niewielkie zmiany w strukturze szkieletu
- zwiększony poziom keratyny
- zmiany strukturalne skóry, paznokci i włosów
- być może zwiększona częstość występowania niektórych alleli korelujących z wysoką inteligencją, np. Rs13188378(G)
- pewne zmiany w nasyceniu pigmentu
- niektóre recesywne haplotypy neandertalskie, gdy są w formie heterozygotycznej, maskują szkodliwe mutacje rdzennie ludzkie, co powoduje tak zwany efekt dominacyjnej heterozji, inaczej zwany efektem wigoru mieszańców
- zapewne lepsze przystosowanie do miejscowego klimatu i pożywienia
